Некоторые из настроек я сохраняю в облако на github в частный репозиторий. Кроме сохранения данных у этого метода есть ещё один плюс — я вижу, какие именно изменения были сделаны. Но для файла реестра (.reg) это не работает. Вместо списка изменений я вижу лишь такую надпись:

This binary file has changed.
Open file in external program.

Чтобы GitHub Desktop понимал, что этот файл является текстовым, а не двоичным, нужно это явно указать.
1. В папке, изменения в которой отслеживаются, нужно создать файл .gitattributes:

2. В этом файле должно быть такое содержимое:

*.reg   text working-tree-encoding=UTF-16

3. После перезапуска GitHub Desktop содержимое файлов .reg будет распознаваться корректно: