Если был скачан не установочный файл, а архив, то в комплекте к нему идёт файл настроек (причём он пустой!). Если такую папку перекинуть в Program Files, то настройки будут извлекаться из файла этой папки. Таким образом, если вы работаете под учётной записью с правами пользователя, то вы не сможете сохранить ранее изменённые настройки (вам просто не хватит прав). Уведомления об этом вы не получите и, при следующем запуске Process Hacker/System Informer, он будет запущен со старыми настройками! То есть уведомления не будут отключены. Решение здесь только одно — удалить из папки файл настроек SystemInformer.exe.settings.xml, и после сохранения настроек он будет создан в папке профиля пользователя!